Son dos los momentos que pueden señalarse como de fundación de Pátzcuaro, uno en la época prehispánica y otro al inicio de la época colonial, una refundación propiamente dicha, emprendida por Vasco de Quiroga al establecer ahí la sede del Obispado de la Provincia de Michoacán del Virreinato de la Nueva España, conferido a su persona por el rey Carlos V de España con anuencia del Papa.
De la primera fundación no hay noticias precisas, pero la Relación de Michoacán rendida al virrey Antonio de Mendoza señala que los fundadores de Pátzcuaro fueron los caciques chichimecas Parácume y Vápeani, hijos segundos de Curátame, nietos del primer Vápeani, bisnietos del primer Parácume y tataranietos de Sicuracha, quienes encontraron asiento para su tribu “en el barrio de Pázquaro llamado Tarimichundiro”, donde iniciaron la construcción del poblado en un lugar donde había cuatro piedras juntas, número sagrado para ellos porque representa los cuatro puntos cardinales y simboliza las cuatro estrellas de la constelación la Cruz del Sur, venerada por la tribu, cuyo comienzo histórico se atribuye a Iré-Ticáteme, cacique de Zacapu, de donde habían emigrado.
Aunque no puede hacerse una correlación exacta de fechas, se ha fijado el año 1360 como el probable de la muerte de Parácume y Vápeani, por lo que se supone que la fundación de Pátzcuaro debió ocurrir en 1324. En esa época habitaban la cuenca lacustre tres grupos indígenas: “los de Coringuaro”, “los isleños”, y “los chichimecas”, en continua pugna. Los chichimecas reconocían como cacique antiguo a Iré-Ticáteme, y tenían como deidades principales a Curicaveri y a Cueróhperi.
El gobierno purépecha propiamente dicho se inaugura con Tariácuri, primer cacique a quien se aplicó el título de caltzontzi, en Pátzcuaro, que se convierte así en la primera capital de los tarascos. Como fundador, Tariácuri dividió la región en tres señoríos: Ihuatzio, Tzintzuntzan y Pátzcuaro, quedando éste bajo la guía de Hiquíngare, quien murió sin tener descendencia, en virtud de lo cual el poder quedó en Tzintzuntzan, que pasó a ser la nueva capital purépecha, transformándose Pátzcuaro en centro ceremonial y lugar de recreo.
A la llegada de los españoles a Michoacán, se refugiaron en Pátzcuaro los chichimecas o tarascos que no aceptaban su rendición, y ofrecieron férrea resistencia en un barrio que hasta la fecha es conocido como “Barrio Fuerte”, bajo la dirección del último caltzontzi, Tangaxoan II, gobernante purépecha a quien le tocó beber el trago amargo de la derrota ante los conquistadores españoles que atacaban la zona al mando de Cristóbal de Olid.
Eduardo Ruiz, eminente historiador michoacano, narra el encuentro entre esos jefes de ejércitos contrarios en la guerra de la Conquista en Michoacán de la siguiente manera: “apeóse de su caballo el jefe español y tendió sus brazos al monarca; mas éste apresuró el paso e hincó una rodilla en presencia del extranjero. Mudos y pasmados contemplaban este acto de humillación los millares de espectadores”. Aún a la fecha, el sitio en que se verificó el encuentro de Tanganxoan II con Cristóbal de Olid conserva el nombre de “El Humilladero”.
En 1526 llegó a Pátzcuaro, como presidente de la Audiencia, Nuño de Guzmán, quien a la sombra de su cargo cometió innumerables crímenes, que culminaron con el tormento y muerte de Tanganxoan II en 1530. Ante esto, los habitantes de Michoacán, principalmente los de Pátzcuaro, huyeron hacia las montañas y la región quedó poco menos que despoblada. Nuño de Guzmán y los oidores de ese órgano del gobierno español fueron depuestos por una nueva Audiencia, instituida por orden real, que tocó presidir en 1531 al licenciado Vasco de Quiroga, la cual resolvió confiscar a Nuño de Guzmán los bienes que había adquirido por medios reprobables y mandarlo prisionero a España, donde murió poco después, en la miseria.
Debido a su buen éxito para relacionarse con los nativos conquistados, Vasco de Quiroga fue comisionado como visitador a Huitzizila, como entonces se llamaba Tzintzuntzan, la Ciudad de Michoacán, donde logró reunir al gobernador indígena Pedro Cuiranángari y a los principales habitantes del pueblo, para convencerlos de sus buenos propósitos. Dados los servicios que con su diligencia prestaba a la Corona, en 1537 en rey Carlos V de España propuso al Papa de Roma nombrara obispo de Michoacán a Vasco de Quiroga, sugerencia aceptada, y corridas las Bulas a la sazón en 1538 el arzobispo de México, entonces Nueva España, Fray Juan de Zumárraga, impuso al licenciado todos los grados eclesiásticos, desde la primera tonsura hasta el obispado, del que tomó posesión en una pequeña catedral que empezaba a construirse en Huitzizila, sede entonces de los poderes civiles y religiosos.
El obispo Vasco de Quiroga decidió trasladar su silla episcopal a Pátzcuaro y, autorizado por cédula real del 26 de julio de 1539, cambió de sede la capital de la provincia, y en 1540 emprendió el repoblamiento de Pátzcuaro, adonde también llevó el título de Ciudad de Michoacán, dándose así la segunda fundación de que hablamos, época de que data también la fundación del Colegio de San Nicolás Obispo en el lugar.
En 1553 Pátzcuaro obtuvo la confirmación del título de ciudad y su escudo de armas, y Vasco de Quiroga comenzó la construcción de la Catedral en el sitio donde había estado el gran templo dedicado a la diosa Cueróhperi. El proyecto, declarado ambicioso e inaceptable por España, contemplaba la edificación de un majestuoso edificio de cinco naves, de las que sólo se construyó una, hoy la Basílica de Nuestra Señora de la Salud. Otras obras civiles y religiosas emprendió el prelado, hasta conformar la esencia arquitectónica particular del pueblo.
La importancia de Pátzcuaro decayó en 1575, con el traslado de las autoridades civiles a la recién fundada ciudad de Valladolid, hoy Morelia, capital del estado de Michoacán, mudanza que siguieron en 1579 las autoridades eclesiásticas y en 1580 el Colegio de San Nicolás Obispo.
Durante la guerra por la Independencia de México destacaron en Pátzcuaro, por su valiente participación, el cura Manuel de la Torre Lloreda, quien había participado en la Conspiración de Valladolid; fue diputado al Primer Congreso Constituyente de Michoacán y autor del primer proyecto de constitución política del estado; y la señora Gertrudis Bocanegra de Lazo de la Vega, quien instigó a su esposo y a su hijo a sumarse a la causa insurgente, a la que se integraron al paso del ejército de Miguel Hidalgo por Valladolid, con el trágico resultado de que murieron en combate meses después, lo que no arredró a doña Gertrudis, quien sirvió a la insurrección proporcionando informes, víveres y pertrechos de guerra a los combatientes, y prestando su casa para reuniones clandestinas; fue delatada y aprehendida, pero ella por su parte no reveló secreto alguno ni de planes ni de participantes, hasta que finalmente fue fusilada en la Plaza Grande de Pátzcuaro: ahora la Plaza Chica de la localidad lleva su nombre.
En la división política que se efectuó en 1824, Pátzcuaro quedó como cabecera del Distrito XII del Departamento Oeste de Michoacán, y el 10 de diciembre de 1831 fue elevado a la categoría de municipio por la Ley Territorial promulgada ese año.
A fines de la guerra contra la intervención francesa, Pátzcuaro se pronunció a favor del Imperio en 1867. El pueblo fue atacado por el general Nicolás de Régules, republicano, quien se apoderó de la plaza y nombró autoridades liberales.
Durante el Porfiriato fue asiento de grandes comerciantes y terratenientes, dueños de haciendas cercanas; en 1886 se inauguró el ferrocarril Morelia-Pátzcuaro, y el 5 de mayo de 1899 el alumbrado eléctrico del poblado.
Y en tiempos de la Revolución se constituyó en punto estratégico para la toma militar de Morelia, la capital del estado. En la campaña contra el gobierno espurio de Victoriano Huerta, el 21 de abril de 1913 los revolucionarios amagaron con atacar Pátzcuaro, alentados por un reciente triunfo obtenido en Tacámbaro, pero la población no opuso resistencia y recibió a las tropas con gran jolgorio. Se tiene registro de un violento ataque al pueblo perpetrado por el bandolero Inés Chávez García y su gavilla, en 1918.
Al término de la lucha armada, en 1920, se inició la reconstrucción de la ciudad bajo el criterio de conservar lo indígena y lo colonial, que ahora respalda, entre otros requisitos, su categoría de Pueblo Mágico.
Vale agregar, como importante dato histórico de la localidad, la fundación del Centro Regional de Educación Fundamental para América Latina (CREFAL) de la Organización de las Naciones Unidas (ONU), en 1951, con que se inicia una nueva etapa en la vida cultural de este pueblo típico de Michoacán.